Великая Отечественная война
В 1941 силы Красной армии были выдвинуты к границе в наступательных боевых порядках. Самолеты, техника, боеприпасы были сосредоточены у самой границы, что сделало их очень уязвимыми против первого внезапного удара со стороны противника. Не исключая возможности военного столкновения с Германией, Сталин не верил, что Гитлер способен нанести удар уже в июне 1941. Сосредоточенные Гитлером силы Сталин считал недостаточными для победы над СССР.
Но 22 июня Германия напала на СССР. Началась Великая отечественная война. Удар, разрушивший весь первый эшелон советских войск, оказался неожиданным для Сталина, с обращением к советскому народу о начале войны выступил Молотов.
В конце июня 1941 был создан верховный орган, сосредоточивший всю власть в стране — Государственный комитет обороны (ГКО) под председательством Сталина, позднее он же стал Верховным главнокомандующим. Во время Великой Отечественной войны Сталин занимал также посты наркома обороны (до 1946) и вооруженных сил (до 1947). 3 июля 1941 Сталин после долгого молчания выступил по радио с обращением к советскому народу, которое начиналось словами: «Товарищи! Граждане! Братья и сестры!». Он просил у народа поддержки, взывая к его патриотическим чувствам.
Сталин лично участвовал в разработке основных операций Советской армии, за ним оставалось последнее слово при принятии важнейших решений в годы войны. В критические дни Московской битвы 1941, когда многие члены правительства были эвакуированы из Москвы, Сталин оставался в столице. Кроме того, когда его сын Яков попал в плен, Сталин отказался обсуждать вопрос его обмена.
По мере военных успехов в 1942-1944 гг. авторитет Сталина рос. Чувствуя изменение настроений в обществе, важность патриотизма, Сталин был един с народом и его настроениями. Были восстановлены некоторые дореволюционные традиции страны. Митрополит Сергий был принят Сталиным. В 1943 в армии были введены погоны и традиционные офицерские звания, которые существовали до революции. Лучшие части советской армии стали именоваться гвардейскими. Официальная пропаганда поднимала на щит военачальников, защищавших Родину во времена самодержавия — Суворова, Кутузова, Нахимова. В 1944 был принят новый, патриотический гимн СССР, заменивший Интернационал.
В то же время были проведены важные перемещения, которые, как считал Сталин, могли помогать оккупационным войскам. В 1941-1944 г. были осуществлены переселения немцев Поволжья, чеченцев и ингушей, крымских татар, калмыков, карачаевцев, балкарцев, месхетинцев. В 1943 в интересах улучшения отношений с союзными капиталистическими государствами Сталин ликвидировал Коминтерн, хотя контроль за политикой коммунистических партий сохранялся.
На конференциях глав антигитлеровской коалиции в Тегеране (1943), Ялте и Потсдаме (1945) Сталин наряду с лидерами США и Великобритании определял судьбы послевоенного мира. В результате Второй мировой войны значительно расширилась территория СССР. В его состав вошли несколько районов Финляндии (1940, 1947), Литва (1940), Латвия (1940), Эстония (1940), Западная Украина и Западная Белоруссия (1939), Молдавия (1940), часть Восточной Пруссии (1947), Тува (1944), Южный Сахалин и Курильские острова (1945). В сферу влияния СССР вошли страны Восточной Европы, часть Китая и Кореи. Благодаря расширению сферы влияния была пресечена возможность восстановления фашизма.
Последние годы
Во второй половине 1940-х гг. СССР под руководством Сталина укреплял свое влияние в Восточной Европе и поддерживал коммунистические движения в Азии и других регионах. США вступили в борьбу за установление своей гегемонии в Европе и Азии. Это вызвало нарастание напряженности в отношениях между союзниками по антигитлеровской коалиции и привело к холодной войне. В странах Восточной Европы под давлением трудящихся масс этих стран и при поддержке СССР были иные режимы. Сталин не доверял восточноевропейским коммунистам и для контроля над ними создал систему Коминформа. В 1948 малейшее несогласие лидера КП Югославии И. Броз Тито Сталину привело к разрыву советско-югославских отношений. По странам, входившим в советскую сферу влияния, прокатилась волна репрессий, направленных в том числе и против коммунистов.
Победа над фашизмом подняла авторитет Сталина на небывалую высоту, ему были просвены самые высокие звания. существовавшие в СССР — Герой Социалистического труда (1939), Герой Советского Союза (1945), Генералиссимус (1945). Сталин после физического и эмоционального напряжения времен войны много болел, передавая текущие дела своим молодым выдвиженцам Маленкову, Хрущеву, Берия, и старым соратникам Молотову, Жданову, Кагановичу, Микояну. Но принятие стратегических решений по-прежнему оставалось за ним.
В стране продолжалось наращивание «культа личности», в 1949 после пышных торжеств в честь семидесятилетия Сталина в Москве была открыта выставка подарков вождю, на которой экспонировались тысячи ковриков, шкатулок, фарфоровых ваз с его изображением. Во второй половине 1940-х гг. развернулась новая волна преследований интеллигенции, «борьба с космополитизмом» и с «низкопоклонством перед Западом», разоблачение Еврейского антифашистского комитета и др. кампании. Обращение к национальной теме позволило сплотить народ в суровые военные годы. Теперь Сталин решил направить националистические чувства для дальнейшего укрепления СССР и борьбы с ростками инакомыслия в среде интеллигенции.
Несмотря на прочность авторитета Сталина, политическая борьба в СССР после войны обострилась. Новая волна чистки была слабее, чем в 1930-е гг., но также привела к наказаниям и даже гибели гибели ряда государственных деятелей (Ленинградское дело) и отстранению от власти старых соратников Сталина Молотова, Микояна и Кагановича. Росло влияние более молодых деятелей Берии, Хрущева и Маленкова, которые использовали в борьбе против своих противников подозрительность Сталина, ограничения доступа к нему из-за ухудшавшегося состояния здоровья.
С 1930-х гг. Сталин был скромен в быту. В последние годы он был одинок в личной жизни, редко общался с детьми, отношения с которыми стали формальными. Он был недоволен разгульным образом жизни Василия, «романами» Светланы (грубо вмешивался в ее личную жизнь). Живя на даче в Кунцево, ночью оставался наедине только с охраной, которая не могла войти к нему без вызова.
В конце жизни Сталин вернулся и к теоретическим размышлениям. В 1952 вышла брошюра Сталина «Экономические проблемы социализма в СССР», где он писал о дальнейшем укреплении роли государства при социализме и поглощении колхозной собственности, окончательном отмирании товарно-денежных отношений. Не побоялся Сталин обратиться также и к такой проблеме, как «Марксизм и вопросы языкознания». Он восхвалялся как специалист во всех областях знания, и от его слова зависели судьбы целых научных дисциплин школ.
В январе 1953 Министерство государственной безопасности, воспользовалось заявлением одного из медицинских работников о том, что кремлевские врачи неправильно лечили А. А. Жданова, и обвинили большинство медиков, лечивших Сталина и других руководителей страны в сознательном вредительстве. 
2 марта 1953 у Сталина произошел инсульт. Но его лечащие врачи были арестованы. Охрана не сразу решилась войти к нему в комнату, где он на протяжении длительно времени оказался без медицинской помощи. Когда высшие руководители партии узнали о произошедшем, они стали тянуть время, прежде чем допустить к Сталину врачей. Когда это было сделано, помочь Сталину было уже невозможно. 5 марта 1953 он скончался.
Весть о смерти вождя потрясла страну. Прощание со Сталиным закончилось трагически. Очередь к телу запрудила центральные улицы Москвы. Возникла давка, в которой погибло много людей. Сталин был похоронен в Мавзолее Ленина, который стал мавзолеем Ленина-Сталина. Там его тело оставалось до 1961, после чего он, уже осужденный на Двадцатом и Двадцать втором съездах КПСС, был перезахоронен у Кремлевской стены. Но имя Сталина и десятилетия после его похорон остается фактором идейно-политической борьбы.